北交所个人投资者股票交易费用由佣金、印花税、过户费、交易所经手费四项构成，印花税单向卖出征收，过户费与经手费双向固定计费，佣金由券商自主定价且设有监管上限，机构端额外存在上市相关规费与交易单元使用费两类收费项目，全部收费标准均依托交易所现行收费管理办法落地执行。
印花税是唯一无法协商调整的法定税费，统一按照成交金额0.5‰仅向卖出股票一方收取，买入环节不产生这笔开支；过户费由中国结算统一收取，费率固定为成交金额0.01‰，买卖双向同步扣费，整体单笔占交易本金比例极低；北交所经手费经过两轮下调后现行标准为成交金额0.125‰双向收取，多数券商将该笔费用纳入佣金打包收取，也就是行业常说的全佣模式，极少数券商拆分计费采用净佣报价，投资者开户前需要区分两种计费口径避免隐性成本增加。监管划定券商佣金最高上限为成交金额3‰，市场常规开户默认佣金多在万三至万六区间，单笔佣金不足5元按照5元最低标准收取，大额资金交易者、高频短线交易者能够和券商洽谈下调佣金费率，这也是普通投资者压缩交易成本最可行的途径。
除日常二级市场撮合成交收费外，北交所针对协议转让、可转债、优先股等特殊品类设置差异化收费规则，优先股日常交易经手费对标普通股费率，大额股份协议转让按成交金额0.5‰双向计费，同时设置单笔单项收费封顶10万元，标的没有实际成交价格时按照标的总面值核算费用；北交所可转债交易经手费按普通股标准减半征收，现阶段可转债上市年费与上市初费实行暂免政策，和普通股收费体系形成明显区分。上市企业层面还要按期缴纳上市年费，收费档位依托总股本划分，2000万股及以下股本年费2万元，2000万至5000万股年费3万元，5000万至1亿股年费4万元，总股本超1亿股年费5万元，部分偏远民族地区注册企业可享受年费减免政策。
面向券商等机构参与主体，北交所单独设置交易单元相关收费，首次新开北交所专属交易单元初费50万元，若是券商已经在全国股转系统开通交易单元，复用共用通道无需重复缴纳开户费用；单个交易单元年度使用费固定3万元，超出免费申报流速的部分会额外计收流速费与流量费，相关费用由北交所和全国股转系统按照申报笔数占比拆分结算。不少跨界关注北交所的币圈投资者容易混淆场内交易和加密资产计费逻辑，北交所所有费用执行法定标准化定价，不存在平台自定义费率、杠杆附加服务费等非常规收费，所有扣费明细都能在交割单中逐条核验。
